随着剧情的持续发展，木星帝国开始崭露头角，木星帝国是由木星圈的领导人，也就是首任木星帝国的总统德拉克斯?德卡兹一手建立；德拉克斯花费了将近70年的光阴将环境极其残酷恶劣的木星圈地带改造成人类可以居住的环境，但是随后地球联邦因为一系列的战争对木星圈的发展不闻不问，还以低劣的政治婚姻拉拢木星圈附庸自己，这让德拉克斯心中充满了怨恨。

木星帝国的前身是负责运载木星氢3能源的木星船队的根据地，也就是捷多-亚西塔工作的地方，木星帝国多次邀请捷多出山，但是捷多似乎看透了德拉克斯?德卡兹的扭曲人格，一直不同意加入木星帝国，为此还遭到了德拉克斯?德卡兹的软禁。

在U.C.0123年的宇宙巴比伦战争期间木星帝国假意向死亡先锋投降，希望联合死亡先锋通过能源禁运来打击地球联邦；在战争结束后德拉克斯考虑到木星帝国早已能摆脱联邦的统治自给自足，于是向地球联邦提出了独立的要求，但遭到联邦的拒绝，为了防止他自立大旗，地球联邦通过政治婚姻安抚德拉克斯（也就是贝娜提·布里耶的母亲）；经历了快70年残酷环境折磨的德拉克斯嫉妒地球圈的富饶，于是下定决心要毁灭地球，但是同时他也意识到只有几个殖民卫星的木星帝国要向公然对抗联邦简直就是以卵击石，因此他表面上归顺联邦，通过交换生的方式换取地球联邦的信任，背地里偷偷的向地球输送毒气，并秘密发展军事武器。

木星帝国的野心可谓是路人皆知，但是地球联邦现在内乱不断，军力掌控地球圈都有些捉襟见肘，更别提管控距离更远的木星了。

这时候心怀正义的贝拉-罗纳站了出来，面对萨比尼带着部分死亡先锋成员加入木星帝国的局面，果断收拢部下，组成了宇宙海盗来对抗木星帝国。

这也是剧情《机动战士海盗高达》的剧情，剧情由神龙公会开启。现在开启剧情的环节基本上相当于一次隐藏任务，玩家们借此抢占先机。

故事的焦点集中在了一位名叫托比亚·阿罗纳克斯的少年身上。托比亚是从地球圈前往木星圈的交换学生之一，但是在到达木星圈之际所乘坐的舰艇遭到宇宙海盗死亡先锋的袭击。

袭击这艘交换舰的机体是海盗高达X1，机师是化名为金凯度的西布克。

交换舰的周围全是NPC的机体，死亡先锋这边以西布克为核心，神龙公会为主力开始清剿NPC机体。

随着剧情的深入，玩家们可以自由使用自己的机体了，在一旁作战的脆脆角很快就注意到了大秦龙魂周围多了一台新的机体PMX-004泰坦尼亚。

泰坦尼亚的机师是大秦龙魂的朋友铁锅炖月亮，之前一直在小公会发展，现在眼见大秦龙魂坐稳了神龙公会的主力，直接就前来投靠大秦龙魂。