此刻，清军已经成功地攻占了福建南部的漳州和江西南部的赣州，其军事实力正逐渐向广东逼近。司礼监王坤认为形势危急，建议立即迁移至梧州以躲避战乱。而朱由榔无视瞿式耜等大臣的反对意见，在监国仅仅六天之后，于十月二十日带领群臣出逃梧州。
这是朱由榔的第三次逃亡行动，这次逃跑跟前两次完全不一样，它引发了一系列连锁反应。
由于朱由榔的离开，隆武帝的弟弟朱聿鐭得到了苏观生等人的支持，正式宣布称帝，建立绍武政权，并派遣陈邦彦告知朱由榔这一情况。
面对如此尴尬的局面，丁魁楚等人建议朱由榔尽快正式称帝，以对抗朱聿鐭的势力。于是，朱由榔在十一月十二日回到肇庆，并在十一月十八日正式登基称帝，改年号为永历，追封其父桂王朱常瀛为兴宗端皇帝，尊称嫡母王氏为慈宁皇太后，生母马氏为皇太妃，王妃王氏为皇后。与此同时，朱由榔还遥尊隆武帝的谥号为思文皇帝。】
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小主，
“老四夺了我的兴宗庙号，孤也就忍了，这个小辈居然给自己生父上这个年号，真是朝中无人了，连基本的礼仪都忘记了，这跟那个大明永历年号有啥区别。”好久没有发表意见的朱标终于忍不住了，发出了他人生以来第一顿大火。
朱标的声音在大殿内回荡，带着愤怒和失望。他一直对朝廷中的事情保持着沉默，但这次却无法再忍受下去。
而就在这时，朱棣走了进来，准备向朱标请罪。然而，当他听到朱标的话时，脸色瞬间变得苍白，一时间陷入了进退两难的境地。
朱棣站在那里，心中充满了矛盾和困惑。他知道自己后代的行为引起了朱标的不满，但他也有自己的苦衷。此刻，他不知道该如何面对这位太子大哥，也不知道如何解释自己二百多年后代的所作所为。
整个大殿陷入了一片尴尬的沉默之中，气氛紧张到了极点。朱棣低着头，不敢直视朱标的目光，心中暗自后悔自己从北平跑到南京来的冲动。
朱标看着朱棣，眼中闪过一丝无奈和失望。他知道现在的朱棣也是很无辜的，毕竟他管不了二百多年后的子孙后代。他叹了口气，挥挥手让朱棣先退下，等日后再说。
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【隆武二年（公元 1646 年）十二月二十六日，距离登基称帝不过寥寥数日的永历帝眼见刚刚消灭绍武帝的清军转头向自己打了过来，形势危急，不得不匆忙逃离肇庆，再次遁入广西梧州以求自保。
没过多久，肇庆便不幸失守，梧州也随之陷入重重危机之中。无奈之下，朱由榔只得再次踏上逃亡之路，一路仓惶奔至桂林。